操作分子共振法時所使用的主要工具是木槌。木槌較輕，操作者的手不會吃力；當然，如果操作不正確，手是很容易酸的。
木槌有兩端，一端平面，一端尖凸，各有不同的作用。在平坦面，我們會貼上膠狀墊片，那是為了緩衝敲擊的反作用力，也是為了保護分子載體不要被損壞。共振時以單一節拍為主，敲擊的力道會視不同部位和不同目的而異。例如：調整大區塊結構體時，力道會增大，小區塊骨骼和肌肉、經絡圖譜、解剖圖譜、生物圖片時力道較小；眼睛、腦神經和顱內，不但力道更小、更輕、頻率也會變得慢些。總體而言，只要保持不疾不徐穩定的速度就可以了。
木槌的尖端是用來敲擊骨和骨的接合點，包括顱內的裂縫、孔洞，簡單的說，只要是平面槌無法到達的部位，都可以使用尖凸的一端。
通常操作分子共振時，操作者會用木槌不停地敲擊模具，這樣做的目的，是為了讓分子的活動活躍起來，規律的敲擊會在模具上形成一個新電場，被轉錄來的分子會重新排列組合，這有點像是分散在各個角落各做各事的士兵們，一聽到操場中央的班長喊出「集合」的口令時，會立即跑步成排列隊形，再以小跑步修正自己的位置調整隊形。在修正時是集體一起行動，而不是單一行動。
在新電場裡重新排列後的分子結構會隨著連續敲擊模具時所產生的振動波不斷地傳回病患身上，重新參與本體的分子活動，因為被傳回的分子和先前的分子是不同的，所以會刺激本體產生新的修正反應。
分子共振還有一個專長，就是「催化作用」，它可以加速本體分子的分解以便和新分子結合。
分子共振治療法中的木槌敲擊法和劃骨法同時肩具一項重大的任務，那就是連續不斷地提供分子共振時所需的電力。非常遺憾地，分子共振雖運用了古典物理學理論和新科學的概念，但是它的發電方式還處於工業革命初期人力發電的階段，我的腦海裡還可以浮現幾個工人穿著沾滿煤灰的工作服，一鏟一鏟地將煤炭丟進爐竈裡，將滾水煮開產生蒸氣去推動機器運轉的影像。我非常希望在電力科學方面有專攻的研究人員看到這本書，協助分子共振擺脫人力發電的古老模式。
為什麼透過連續敲擊模具的方式就可以形成新的電場？讓我們先瞭解電是怎麼產生的？無線電遙控玩具車、電風扇、烘乾機等都是使用電動馬達。電動馬達是透過供電而旋轉的，但轉動電動馬達又會產生電。其實發電機和電動馬達的原理差不多，在預先繞好的線圈內不斷的插入和拔出磁鐵，或是在磁場裡旋轉線圈，線圈內就會產生電流，水力發電靠水的位能產生的動力旋轉線圈，火力發電靠蒸氣的熱能旋轉線圈，發電廠利用在磁場裡旋轉線圈產生電流的原理來發電。這個發電的原理是英國物理化學家麥克爾法拉第在1831年發現的。當供應電流給線圈時，線圈就會變成電磁鐵；相反的，把磁鐵靠近線圈，線圈就會有電流產生。可是要讓電流持續，只靠近是不夠的，必須不斷地插入與拔出磁鐵才行。
分子共振時木槌與模具之間會反覆產生位差，位差轉變時會使空氣中的原子加速衝撞，連續位差會產生一連串撞擊，於是形成一個電力場，同理，要讓這個電力場持續供應電源，就必須不停地敲擊。
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